I servizi ferroviari regionali della Sicilia sono regolati dal Contratto di Servizio con il MIT e il MEF, che disciplina i servizi delle regioni a Statuto Speciale (Sicilia, Sardegna e Valle d'Aosta) per le quali non è stato ancora completato il processo di attribuzione delle competenze in materia di trasporto locale. Peraltro dal 2009, tra detti Ministeri e la regione Sicilia, è in corso di svolgimento la procedura per l'attuazione del trasferimento alla Regione dei compiti di programmazione e amministrazione relativamente ai servizi ferroviari di interesse regionale e locale di cui al decreto legislativo n 422 del 1997; l’iter di attribuzione delle competenze, che consentirà la stipula di un Contratto di Servizio da parte della Regione Sicilia, sarà completato con l'emanazione di un decreto di ripartizione delle risorse finanziarie da parte del MEF.
La definitiva sottoscrizione dell’accordo di programma alla Regione Sicilia non potrà che determinare un controllo più incisivo sulla qualità e quantità dei servizi erogati.